“要控制公立医院的不合理扩张，到2015年非公立医疗机构床位数和服务量达到总量的20%左右的目标。公立医院规模太大，将会直接影响医疗质量和安全。”卫生部医改办常务副主任梁万年表示。
公立医院改革的内容不仅对公立医院具有直接影响，更与民营医院的生存发展息息相关。公立医院改革有三条主线。一是以县级公立医院改革为突破口，然后围绕取消医药补医机制带动一系列综合改革;二是在17个国家试点城市进行公立医院改革试点，围绕政事分开、管办分开、医药分开、营利和非营利分开四大体制机制改革;三是所有医疗机构，尤其是公立医院，要继续推行以便民、惠民为主要措施的一系列改革。
取消药品加成是公立医院改革的一个重要环节，根据国务院发布的《“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划暨实施方案》，取消药品加成政策后，公立医院补偿由服务收费、药品加成收入和财政补助三个渠道改为服务收费和财政补助两个渠道。
全国600多个县级公立医院的做法归纳起来大概有三种模式：一是财政补助法。医院药品加成的损失由财政补助,省市县三级财政按照比例分担,例如陕西。二是平移法。通过增设收费项目弥补药品差价收入。这种模式以北京、深圳为代表，深圳设了门诊诊金和住院诊疗费，北京设了医事费。平移的费用由医保报销，不增加百姓的负担。三是调整医疗价格法。这种模式浙江开展的比较早，调价后，可以弥补药品加成损失的90%，这部分由医保报销，剩下10%通过医院内部管理、支付方式改革和人事制度管理的完善消化掉。安徽也类似这种模式，调价解决75%，剩余25%由政府财政补偿。
医保支付方式改革是公立医院改革的另一个翘点，改革的方向是将后支付变为预支付，将按项目收费，改为按病种、床数、人头等综合性的复合式支付方式，将总额控制改为总额预付。